ولایتی اولین گزینه آیت الله خامنه ای برای پست نخست وزیری در دولت سوم بود اما این امر با مخالفت نمایندگان مجلس آن زمان مواجه گردید. اولین نماینده ای که در جلسه رای گیری مجلس با نخست وزیری ولایت مخالفت کرد خاتمی بود.

پایگاه خبری تحلیلی مثلث آنلاین:

‌28 مهرماه 1360 روحانی جوانی در مجلس به سمت تریبون رفت و در مخالفت با علی‌اکبر ولایتی برای سمت نخست‌وزیری نطق کرد؛ او سیدمحمد خاتمی بود، نماینده اردکان. از 205 نماینده حاضر در جلسه روز 30 مهر، ولایتی موفق به کسب تنها 74 رأی موافق شد؛ نخست‌وزیری که منتخب رئیس‌جمهور جدید و از مؤسسان حزب جمهوری اسلامی بود. نمایندگان از میان پنج نام دیگر (مصطفی میرسلیم، محمد غرضی، حسن غفوری‌فرد، علی‌اکبر پرورش و میرحسین ‌موسوی) به نخست‌وزیری وزیر امورخارجه رأی دادند.

 ولایتی ماجرا را این‌گونه روایت می‌کند: «بنده در مهر‌ماه سال ۱۳۶۰ به عنوان اولین نخست‌وزیر در دولت ایشان معرفی شدم، اما به دلیل مخالفت سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی رأی نیاوردم. آن زمان هنوز شکافی بین سازمان مجاهدین رخ نداده بود، لذا تمام تلاش خود را به کار گرفتند تا آقای موسوی نخست‌وزیر شود».